احتل الايرانيون هذه المنطقة في القرون التالية لميلاد نبي الله عيسى ( ع )
، و اتخذوا من موقع سامراء الحصين مركزا استراتيجيا و عسكريا أثناء قتالهم
الروم ، وقد أقاموا فيها الحصن المعروف باسم حصن سومير ، الذي جاء ذكره مع
تراجع الجيوش الرومية ، بعد مقتل جوليان سنة 363 م.ـ جعل خمسة خلفاء
عباسيين مدينة سامراء عاصمة لهم ، هم المنتصر ، و المستعين ، و المعتز ، و
المهتدي ، و المعتمد ، بالاضافة إلى المعتصم و المتوكل ، وظلت مقرا
للخلافة العباسية فترة تقرب من 58 عاما ، تمتد من سنة ( 220 هـ ) إلى سنة
( 279 هـ ) .
ـ سنة ( 223 هـ ) وصل الافشين ( القائد العسكري للمعتصم ) مدينة سامراء و معه بابك واخوه اسيرين.
ـ سنة ( 247 هـ ) اغتيل المتوكل و تولى الحكم من بعده المنتصر ، فانتقل
إلى سامراء ، وأمر الناس جميعا بالانتقال إلى الماحوزة ، و أن يهدموا
المنازل ويحملوا النقض إلى سامراء ، وخربت قصور الجعفري ومنازله و مساكنه
وأسواقه.ـ سنة ( 254 هـ ) توفي الامام علي الهادي ( ع ) ودفن في داره.
ـ سنة ( 255 هـ ) ولد فيها الامام الحجة المنتظر ( عج ) .
ـ بنى المتوكل لنفسه مدينة المتوكلية ، و اتخذها موقعا له ولأتباعه حتى كادت سامراء تخلو من أهلها.
ـ سنة ( 260 هـ ) سجنت سراري الامام الحسن العسكري ( ع ) و في السنة نفسها توفي عليه السلام و دفن الى جوار ابيه.
ـ سنة ( 279 هـ ) ترك المعتمد المدينة ليتخذ من بغداد مستقرا له ، قبل ستة أشهر من وفاته سنة ( 279 هـ ) .
ـ بعد أن اتخذ الخلفاء العباسيون بغداد عاصمة لهم ، هجرت مدينة سامراء وأذن ذلك بخرابها.
ـ سنة ( 445 هـ ) وقعت حرب البساسيري و السلجوقيين في المدينة.
ـ سنة ( 1286 هـ / 1869 م ) أصدر الوالي مدحت باشا أمرا بجعل سامراء قضاء تابعا إلى بغداد ، وكان أول قائم مقام لها هو علي بك.
ـ سنة ( 1292 هـ ) هاجر الميرزا محمد حسن الشيرازي من النجف إلى سامراء وعاش فيها 21 عاماً وتوفي فيها سنة 1312 هـ.
ـ سنة ( 1296 هـ / 1879 م ) هاجم الهماوند ( جماعة من الاكراد ) مدينة سامراء ونهبوها.
ـ في سنة ( 1318 هـ ) حاولت الشركات البريطانية احتكار زراعة وبيع التنباك
في إيران ، فتصدى الميرزا محمد حسن الشيرازي الذي كان في سامراء لهذه
المحاولة واصدر فتواه الشهيرة بتحريم بيع التنباك ، مما اضطر الشاه إلى
إلغاء الامتيازات.
ـ سنة ( 1335 هـ / 1917 م ) احتل الانكليز مدينة سامراء إبان الحرب العالمية الاولى.
ـ سنة ( 1335 هـ ) صعد بعض السراق إلى مشهد الامامين علي الهادي و الحسن
العسكري عليهما السلام ، وقلعوا 25 طابوقة مغلفة بالذهب من قبة المشهد.
ـ سنة ( 1343 هـ / 1924 م ) حدث وباء الكوليرا في المدينة ، وكثرت
الاصابات وارتفعت الوفيات ، وهرب أغلب الاهالي منها: ـ سنة ( 1920 م )
امتدت ثورة العشرين إلى سامراء وشارك أهلها فيها بجهود السيد محمد الصدر.
ـ سنة ( 1359 هـ / 1941 م ) ثارت ثائرة أهالي سامراء ضد الاستعمار
الانكليزي ، عندما أخبرهم متصرف بغداد آنذاك بأن الانكليز يريدون احتلال
محطة قطار سامراء ، وقطع سكة الحديد في جنوب المدينة ، وذلك في عهد حكومة
رشيد عالي الكيلاني في 23 / مايس / 1941 م.
ـ سنة 1976 م الحقت المدينة كمركز قضاء تابع لمحافظة صلاح الدين بعد ان كانت تابعة الى بغداد.